El 25 de febrero de 1825, durante el gobierno de Simón Bolívar, el Congreso Constituyente cambió el diseño de la bandera mediante la promulgación de la ley de símbolos patrios.

Se cambió la imagen del sol por el flamante escudo de armas, diseñado por José Gregorio Paredes y Francisco Javier Cortés.

El pabellón y bandera nacional se compondrán de tres fajas verticales, las dos extremas encarnadas, y la intermedia blanca, en cuyo centro se colocará el escudo de las armas con su timbre, abrazado aquel por la parte interior de una palma a la derecha y una rama de laurel a la izquierda entrelazadas. El pabellón de los buques mercantes, será sencillo, sin escudo ni otra insignia.

Ley del 25 de febrero de 1825 estableciendo el escudo de armas, gran sello del Estado.

De esta manera, la bandera queda constituida por las tres bandas verticales de color rojo los extremos y blanco la central, con el escudo de armas al centro de la banda media. El escudo se compone de tres campos que representan los tres reinos de la naturaleza, presentes en el territorio peruano. El reino animal es representado al lado izquierdo del escudo por la vicuña sobre fondo celeste, el reino vegetal es representado al lado derecho por el árbol de la quina, sobre fondo blanco y debajo de los campos anteriores sobre fondo rojo, el reino mineral es representado por la cornucopia de la abundancia. Además, tenía por timbre una corona y estaba abrazado desde su parte inferior por una palma a la derecha y una rama de laurel a la izquierda.

Modificaciones de 1950

En 1950, el dictador Manuel Odría modificó el uso de las bandera a su actual forma, es decir, haciendo del pabellón para la marina mercante (modelo simple, sin el escudo) la bandera nacional, reservando la bandera con el escudo al centro para las instituciones oficiales del Estado. El cambio se debió a que este modelo se usaba de facto al ser de más rápida confección

Además, oficializó un nuevo estandarte similar al anterior que portaría el escudo nacional acompañado con banderas y estandartes en vez de ramas de palma y olivo. Ese fue desde entonces el estandarte oficial de las Fuerzas Armadas.